Institut Seni Indonesia Yogyakarta menyelenggarakan program pendidikan S1, S2 hingga S3.
Fakultas Seni Rupa
Menyelenggarakan pendidikan bidang ilmu seni rupa yang di dalamnya merupakan unsur-unsur yang mempunyai kekhasan pada konsep, fungsi, terapan, motivasi penciptaan, bentuk, maupun material dan tekniknya dari selurung cabang seni rupa yang tumbuh dari pohon ilmu seni.
Fakultas Seni Pertunjukan
Merupakan fakultas yang menyelenggarakan pendidikan tinggi seni pertunjukan yang berkualitas untuk mengedepankan pelestarian, pengelolaan, dan pengembangan potensi seni, serta budaya dan kearifan lokal nusantara yang berdaya saing dalam percaturan global.
Fakultas Seni Media Rekam
Fakultas Seni Media Rekam menyelenggarakan pendidikan yang memadukan kualitas intelektual dan kepekaan estetik yang disinergikan dengan kecanggihan teknologi rekam untuk menghasilkan insan yang kreatif dan berkepribadian yang menjunjung jati diri bangsa.